Esses impactos ocorrem principalmente durante a construção dessas usinas, quando afetam a fauna e a flora local. O represamento da água contribui para esta destruição, fazendo com que diversas espécies fiquem submersas e morram, aqueles animais que conseguem fugir acabam saindo de seu habitat natural precisando se adaptar em novos lugares.
Em relação às espécies aquáticas, o represamento faz com que umas acabem por se proliferar em relações a outras e, para aquelas espécies que fazem a piracema, são utilizadas escadas nas barragens para que esses peixes possam circular. O represamento também gera um excesso de nutrientes culminando na eutrofização das águas e aumentando a proliferação de microorganismos que, além de poluir, causam conseqüências negativas aos homens. Além disso, a morte da floresta eleva a temperatura ambiente mudando o ciclo de chuvas.
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